Y днк и Mt днк собак

[Shamyrat]

Новые исследования генетики собак изменили наши взгляды на казалось бы на незыблемые истины. Было опровергнуто то что собаки произошли от волков. За такую гипотезу раньше сразу обозвали бы лжеучёным. Разные инквизиторы от официальной науки готовы были бы начать преследование несчастного которому вздумалось бы сказать такое. Хотелось бы спросить этих инквизиторов, а им хотя бы стыдно за свои ошибки, за то что они оскорбляли людей несогласных с их верованием? 

Начнём с возможного места происхождения собак:

НОВОСТИ НАУКИ
Родина собак — Центральная Азия
23.10.2015 • ЮЛИЯ КОНДРАТЕНКО • ЗООЛОГИЯ, ГЕНЕТИКА, ЭВОЛЮЦИЯ • 7 КОММЕНТАРИЕВ
Собачки
Многие собаководы содержат породистых питомцев и следят за чистотой их крови. Такие собаки хороши для выставок, но, как выяснилось, не они, а деревенские полудикие дворняги, геном которых гораздо разнообразнее, помогли ученым выяснить, где произошло одомашнивание собак. Фото с сайта crittersitterspetsitting.com

Давно известно, что человечество вышло из Африки, а вот откуда появились лучшие друзья человека — то есть, где именно произошло одомашнивание собак, ученые до сих пор не могли определиться. Чтобы внести ясность в этот вопрос, исследователи проанализировали ДНК собак со всего света, и тем же методом, что позволил установить происхождение людей, выявили регион появления первых собак. Им оказалась Центральная Азия.

Ученые уже в подробностях знают, как человечество заселяло все континенты. Но вот где на этом пути люди приобрели своих самых преданных друзей — собак — до сих пор оставалось неясным. Самые древние останки животных, которые уже достаточно похожи на собак, чтобы не путать их с волками, были обнаружены в Европе и Сибири (см. статьи: M. Germonpré et al., 2012. Palaeolithic dog skulls at the Gravettian Předmostí site, the Czech Republic; N. Ovodov et al., 2011. A 33,000-Year-Old Incipient Dog from the Altai Mountains of Siberia: Evidence of the Earliest Domestication Disrupted by the Last Glacial Maximum). В то же время, анализ генетических маркеров митохондриальной ДНК и Y-хромосом собак указывал, что они происходят из южного Китая (Z.-L. Ding et al., 2011. Origins of domestic dog in Southern East Asia is supported by analysis of Y-chromosome DNA; P. Savolainen et al., 2002. Genetic evidence for an East Asian origin of domestic dogs).

Археологическая летопись всегда фрагментарна, а генетические исследования, сделанные лишь на отдельных частях генома, могут дать неточные результаты. Кроме того, ранее выполненные работы были неидеальны в плане отбора образцов: выводы были сделаны на анализе ДНК домашних питомцев. Чаще всего к ним относятся либо породистые собаки, либо гибриды нескольких пород. Генотипы домашних собак недостаточно разнообразны, чтобы проследить их происхождение, так как эти животные происходят от очень небольшого числа предков.

Авторы нового исследования пошли другим путем: наряду с породистыми собаками они решили проанализировать и полные геномы «деревенских» собак — то есть животных, у которых нет хозяев, но которые живут вблизи от человеческих поселений (всего в исследовании участвовало 4676 породистых собак из 161 породы и 549 «деревенских» собак). Такие собаки не привязаны к определенному месту, и могут относительно свободно перемещаться и скрещиваться. В то же время, хозяева не перевозят этих собак на большие расстояния, что дополнительно затрудняет анализ происхождения домашних питомцев. Кроме того, к «деревенским», то есть бесхозным, собакам относится большинство собак в мире, так что на их данных можно аккуратнее проследить истоки разнообразия собачьих геномов.

Чтобы установить, где же из волков появились первые собаки, ученые взяли образцы крови деревенских собак со всего света (точнее, из 38 стран). Чтобы получить самую полную картину, исследователи решили не ограничиваться анализом определенных участков ДНК, а исследовали генетические маркеры всего генома животных.

Как по последовательностям ДНК собак из разных точек света можно выяснить, где собаки появились раньше всего? Для этого ученые использовали тот же метод, с помощью которого можно убедиться, что люди произошли из Африки — сравнивали сцепление генетических вариантов. Если популяция произошла от небольшого числа особей, у ее представителей часто будут встречаться определенные комбинации генетических вариантов — чаще, чем если бы эти генетические варианты качественно перемешивались. Такое перемешивание возможно, только если у популяции есть богатый набор генов — то есть, если она произошла от большого числа предков. Если какие-то комбинации генетических вариантов встречаются чаще, чем можно было ожидать, говорят о неравновесном сцеплении генов.

По данным о неравновесном сцеплении генов можно доказать, что люди произошли из Африки, а не, к примеру, из Англии. У жителей Англии группы сцепления генетических маркеров намного длиннее, чем у жителей Африки. То есть, англичанам многие генетические варианты трудно обменять на что-то другое, поэтому довольно протяженные участки ДНК у представителей этой популяции могут оставаться одинаковыми. У африканцев группы сцепления генетических вариантов намного короче. Это означает, что африканцы произошли от более разнообразной популяции, чем англичане. В таких сравнениях можно установить, что жители Африки происходят от большего числа предков, чем жители всех остальных частей планеты. Из этого следует, что, к примеру, Англии досталась лишь часть генетического разнообразия Африки — то есть, Англию отправилась заселять лишь небольшая часть древних людей.

Таким методом удалось определить, что одомашнивание волков и появление первых собак произошло в Центральной Азии — приблизительно на территории современных Монголии и Непала или между ними. Для этого региона сцепление генетических вариантов оказалось ближе всего к равновесному: генетическое разнообразие собак там было самым большим. В ближайших районах — Восточной и Юго-западной Азии, а также Индии — значения этого параметра несколько выше, и затем, по мере удаления от центральной Азии, растут. Отметив значения неравновесного сцепления генов в тех точках карты, где были взяты образцы, можно проследить, как новые друзья человека распространялись по земному шару. 

 

Средняя Азия
править
В 2015 году объектом исследования стали аутосомные, материнские митохондриальные и отцовские Y-хромосомные ДНК у чистопородных и беспородных собак из 38 стран. Некоторые популяции собак в неотропиках и южной части Тихого океана почти полностью получены от европейских собак, в других регионах наблюдается явное смешение коренных и европейских собак. Некоторые популяции собак во Вьетнаме, Индии и Египте содержат минимум европейской примеси и демонстрируют высокое генетическое разнообразие и низкий уровень неравновесного сцепления генов. Это может свидетельствовать об одомашнивании собак в Средней Азии и их последующем распространении к востоку, но не исключает и того, что домашние собаки переместились сюда из другого региона, а здесь обрели разнообразие. Не исключено также, что первоначально одомашненные собаки впоследствии вымерли или были вытеснены более современными популяциями[36]. В 2016 этот вывод поставлен под сомнение в результате исследования полного генома, которое показало более низкий уровень неравновесного сцепления у восточно-азиатских собак, чем у среднеазиатских[37], но и эта оценка затем была подвергнута сомнению[38], а в 2017 высказано мнение о некорректности сравнения генома породистых и беспородных собак[2].

Итак что мы имеем, прародина собаки скорее всего Центральная Азия или конкретнее Средняя Азия. Тогда получается, что среднеазиатская овчарка или алабай(а возможно тазы) , скорее всего  самая древняя порода собак. Так как других древних пород собак в Средней Азии нету. 

 

[Shamyrat]

26 апреля 2017 19:10
Волк собаке не предок
Ученые проследили за эволюцией «лучших друзей человека»
Владимир ЛАГОВСКИЙ
ПОДПИСАТЬСЯ

Доказано: "санитары леса" не эволюционировали в "лучших друзей человека".

Кропотливую работу проделали американские генетики из нескольких исследовательских центров (Cancer Genetics and Comparative Genomics Branch, National Human Genome Research Institute, National Institutes of Health, Bethesda). Они расшифровали геномы почти полутора тысяч собак 161 породы. Что, в итоге, позволило, изобразить в журнале Cell Reports своего рода генеалогическое дерево - собачье дерево. И понять, откуда взялись всякие там пудели, чау-чау, спаниели и прочие мопсы.
 

Читайте на WWW.KP.RU: https://www.kp.ru/daily/26671/3693823/
Чтобы разобраться, как проходила эволюция собак и когда она началась, генетики выявили характерные мутации, которые либо роднят породы, либо отличают одни от других. Проанализировав в общей сложности 150 тысяч генетических изменений, которые произошли в разное время, ученые обнаружили: большинство пород взаимосвязаны - «чистых» почти нет.

Читайте на WWW.KP.RU: https://www.kp.ru/daily/26671/3693823/
Но самое главное: исследователи окончательно развеяли миф о том, что собаки произошли от волков. Отнюдь — генетически, в смысле родства, они очень далеки. Прародительница современных собак — собака. Не волков, живших по соседству, а ее сородичей люди и приручили в первую очередь — одомашнили. Отдельные же волчьи гены, которые иной раз попадаются в ДНК собак, были внесены много позднее - после приручения.

Читайте на WWW.KP.RU: https://www.kp.ru/daily/26671/3693823/
Чуть раньше, сравнивая геномы волков и собак, в их эволюционном родстве усомнились коллеги нынешних исследователей - многочисленная группа специалистов из нескольких американских институтов (Adam H. Freedman, Ilan Gronau, Rena M. Schweizer, Diego Ortega-Del Vecchyo, Eunjung Han, Pedro M. Silva, Marco Galaverni, Zhenxin Fan, Peter Marx, Belen Lorente-Galdos, Holly Beale, Oscar Ramirez, Farhad Hormozdiari, Can Alkan, Carles Vilà, Kevin Squire, Eli Geffen, Josip Kusak, Adam R. Boyko, Heidi G. Parker, Clarence Lee, Vasisht Tadigotla, Adam Siepel, Carlos D. Bustamante, Timothy T. Harkins, Stanley F. Nelson, Elaine A. Ostrander, Tomas Marques-Bonet, Robert K. Wayne, John Novembre). Ныне «санитары леса» и «лучшие друзья человека» окончательно отделены друг от друга на эволюционной лестнице.

Читайте на WWW.KP.RU: https://www.kp.ru/daily/26671/3693823/
Как полагают ученые, первыми появились породы, которые помогали людям пасти скот и вынюхивать дичь. Когда это произошло, пока не совсем ясно. Раскопки дают разброс в десятки тысяч лет. Собаки могли начать жить с людьми и 10-15 тысяч лет назад и 30-40 — еще в те времена, когда по Земле ходили мамонты.

Археологи находят захоронения собак с костями мамонтов в зубах. И полагают, что это был какой-то обряд. Но в любом случае, захороненные собаки - домашние.

Одну из таких находок описывает в журнале Journal of Archaeological Science бельгийский археолог Мьеж Жермонпре (Mietje Germonpré) из Королевского института естественной истории (Royal Belgian Institute of Natural Sciences).

По словам ученого, домашние собаки времен мамонтов были достаточно крупными. Весили под 30 килограммов, рост в холке достигал 60 сантиметров. Жили не долго - от 4 до 8 лет. Похожи были на сибирских хасок. Только крупнее.

Читайте на WWW.KP.RU: https://www.kp.ru/daily/26671/3693823/

Ученые усомнились в родстве серого волка и собаки
Аркадий Симонов
Друг человека, говоря образно, "подложил собаку" ученым. Еще совсем недавно с их происхождением все было ясно: они произошли от современного серого волка. Однако теперь генетики это отрицают, говорят, что неоспоримый факт ошибочен. Хотя их геномы совпадают на 99,9 процента. На самом деле, прародители собак - это какие-то из вымерших видов волков. Какие конкретно? Пока наука не может ответить на этот вопрос. А как же почти полное совпадение нынешних геномов? Все просто. Собаки и серые волки многократно спаривались, отсюда и такое совпадение генов.

Вычеркнув серого волка из прародителей собак, ученые уже не могли остановиться. Если вначале они заявили, что прародителем является только один вид древнего волка, то теперь речь идет уже о нескольких видах. На разных территориях археологи находят фрагменты скелетов доисторических собак, которые относятся примерно к одному периоду, но сильно отличаются размерами, строением и другими параметрами.

 

Правда ли, что собаки – потомки волков?

Практически каждый интересующийся зоологией человек с детства знает, что волки – ближайшие родственники собак, точнее, их предки. Об этом рассказывали в школе, и до недавнего времени этот факт не подвергали сомнению. Считалось, что древние люди, живущие в разных регионах, в разное время просто пускали в свои дома местных волков и их приручали, а дальше свое дело делали эволюция и искусственный отбор.

Чтобы подтвердить эту теорию, американские ученые из Чигагского университета провели ряд исследований. Они взяли геномы представителей трех пород собак (боксера, австралийской собаки динго и африканской бассенджи) и трех подвидов волков, обитающих в разных странах (Китае, Хорватии и Израиле). Кстати, исследователи установили, что в регионах, где испокон веков жили бассенджи и динго, никогда не было «своих» волков, зато в лесах Германии, в которой вывели боксера, волки жили всегда.

Целью работы было найти у трех подвидов волков и у данных пород собак общие гены, которые позволили бы утверждать, что они состоят в ближайшем родстве.

Но не тут-то было! Оказалось, что у собак из разных уголков мира гораздо больше сходных черт между собой, чем с волками. Даже немецкий боксер оказался куда ближе к дикой собаке динго, чем к европейскому волку, которого на протяжении веков «записывали» в его предки. То же самое впоследствии было установлено и по отношению к представителям многих других пород собак и территориально близким к их родине подвидам волков.

На основании этой информации ученые предположили, что, хотя волки и собаки и являются представителями одного вида, все же они относятся к ветвям эволюции, развивавшимся отдельно друг от друга, но не утратившим способность к скрещиванию между собой. Предок у них общий, но собак и волков, скорее, можно назвать двоюродными или троюродными братьями.

И хотя в геноме современных пород встречаются гены волка, они были привнесены уже искусственно, после приручения предка собаки. Сделано это было целенаправленно – для улучшения местных пород.

Предком же наших домашних питомцев была ныне вымершая дикая собака, встречавшаяся на довольно ограниченной территории. Видимо, именно там одомашнивание и произошло, а уже после собаки вместе с людьми расселились по всему миру.

Кстати, подтверждает теорию происхождения собак не от волков, а от вымершей дикой собаки и тот факт, что у волков гораздо меньше амилазы, чем у собак. Амилаза – этот тот самый фермент, благодаря которому происходит усвоения крахмала. Именно он позволяет нашим домашним питомцам переваривать растительную пищу и усваивать некоторые продукты из человеческого рациона.

Как видим скорее всего предков собаки была древняя собака или общий предок собаки и волка. 

[Shamyrat]

Но у некоторых собак есть днк волков, в большинстве своём эти породы даже внешне похожи на волков(например немецкие овчарки). 

Почти все старинные породы собак, традиционно считавшиеся ближайшими к волку, имеют минимум именно «волчьих» структур в ДНК. Ближе других древних пород оказались норвежская лосиная собака и шведская серая. Но и те — дальше, чем немецкая овчарка, бульдог, ирландский спаниэль, пудель и ретвиер! Только представить себе, что пудель ближе к волку, чем ездовая собака хаски, неимоверно трудно.
Ещё интереснее оказалось сходство древнейшего домашнего животного — мексиканской голой собачки и одной из самых красивейших собак — афганской борзой. Первую вывели три тысячи лет назад ацтеки, а вторую изображали на египетских фресках во времена фараонов. Один и тот же тип ДНК у мастифа с Пиренеев и у волкодава из Ирландии. Это совсем не похожие друг на друга животные, и где они обитают — понятно, совсем не близко. На такое сходство не могли не повлиять гораздо более поздние реконструкции, скрещивания.

Однако вывод из исследований ДНК был сделан интереснейший. Анализируя изменения и учитывая количество их, учёные поняли, что пути волка и собаки разошлись не четырнадцать тысяч лет назад, как это было принято считать, а все сто тридцать пять тысяч. Просто самые ранние собачки от волков по собственной морфологии почти не отличались достаточно долгое время. Во всяком случае, кости собак (или ещё волков?) археологи находят рядом с первобытными людьми в слоях, относящихся к плейстоцену. То есть — эти виды животных почти четыреста тысяч лет назад уже существовали бок о бок с человеком. Дружба масштаба практически эпохального!

Ещё одним интересным фактом стало то, что с тех пор собака смешивалась с волком несколько раз и "утечка" генов всегда происходила в сторону от собаки к волку, то есть волк наследовал гены собаки. К примеру, чёрный цвет шерсти американские волки получили от скрещивания с собаками

Как видим гены от собак к волкам есть, но нет обратного, от волков к собакам. 

[Shamyrat]

Наиболее далекими от волков в генетическом и эволюционном смысле оказались динго, а также собаки-парии – например, басенджи, новогвинейские “поющие” и австралийские динго, хотя исследователи порой и приписывали им совершенно различное происхождение, оказались гораздо ближе друг к другу, чем к какой бы то ни было породе собак. На первый взгляд, кажется странным, что в породах, которые традиционно считаются “древними” или “примитивными”, не было обнаружено “волчьих” структур митохондриальной ДНК. Вариант ДНК, весьма близкий к волчьему, был найден только у старинных пород скандинавских собак: шведской серой и норвежской лосиной.

Волк и рядом немецкая овчарка
Куда более отдаленное сходство с волчьими ДНК показывают сибирские и аляскинские лайки (хаски) – такое же, как… эрдельтерьеры и ризеншнауцеры. А вот самая что ни на есть “волчья” митохондриальная ДНК обнаружилась у таких собак, как немецкая овчарка, бассет, бульдог, той-пудель, ирландский водяной спаниель, ретривер… Выходит, с генетической точки зрения пудель ближе к волку, чем ездовая лайка!

Тут надо заметить, что митохондриальная ДНК передается только по женской линии, т.е. через самок. Сперматозоиды, состоящие из клеточного ядра, хвоста и белковой оболочки, никаких митохондрий новообразованному организму передать не могут. А вот яйцеклетка обеспечена полным набором митохондрий материнского организма. Стало быть, даже у прямых потомков от скрещивания волка с сукой лайки будут обнаруживаться только “собачьи” структуры митохондриальной ДНК, а от скрещивания волчицы с ездовым кобелем – только “волчьи”. Тем не менее, отсутствие “волчьих” структур ДНК говорит о давнем происхождении и “самостоятельном” развитии ездовых пород – люди привели их предков на Север с собой, а вовсе не выводили собак каждый раз заново на новом месте. Особенно показательны в этом отношении эскимосские ездовые собаки: уникальные структуры ДНК из их митохондрий обнаруживают сходство не столько с волком, сколько с динго и свидетельствуют о многих веках изолированного развития породы. Да и ДНК аляскинских хаски демонстрирует отдаленное сходство с ДНК не юконских, и даже вообще не американских, а европейских волков. Во многих породах собак “гуляют” одновременно несколько вариантов строения митохондриальной ДНК, по большей части “собственно собачьих”. Подобное изобилие вариантов – отдаленное наследие метизации, межпородных скрещиваний. Присутствие “волчьих” вариантов ДНК в тех или иных породах также говорит, скорее, не о позднем создании этих пород непосредственно из волчьих популяций, а о случаях повторной гибридизации “собственно собак” и волков.

Волкособ
На первый взгляд, неожиданно среди “волчьих родственников” выглядят мексиканская голая собачка и афган. Что касается первой, то среди представителей этой породы встречаются три “собачьих” варианта организации ДНК и один “волчий” – тот же, что у немецких овчарок или пуделей. Казалось бы, мексиканская голая собачка – порода древняя. Но правильнее было бы сказать: мутация древняя. Скорее всего, индейцы ни с какими волками голых собак не скрещивали, да и митохондриальная ДНК такого типа встречается только у европейских волков. Однако от времен ацтеков до выделения мексиканской голой собаки в современную культурную породу со своим стандартом прошло несколько веков. Вряд ли испанские конкистадоры и мексиканские крестьяне особенно заботились о чистоте этой породы. Наверняка голые собаки скрещивались с самыми разными, породистыми и беспородными собаками, привезенными европейскими переселенцами.

Восстановить историю афганских борзых не так просто: похоже, большинство заводчиков этой породы свято уверены в том, что она не подвергалась метизации со времен египетских фараонов. Во всяком случае, редкая статья об афганах (да и о любых борзых) обойдется без упоминания о египетских фресках. То, что современный афган не больно-то похож на борзоподобную собаку с этих самых фресок, поклонников древней породы мало смущает. В какой-то мере они правы: и длинная шерсть, и висячие уши афгана, эти типичные “мутации одомашнивания” могли возникнуть уже внутри группы борзых. Но возникнуть-то они могли, да только непонятно, как эти признаки в породе закрепились: особой пользы ни длинная шерсть, ни висячие уши рабочим качествам борзой не приносят. Могли, конечно, эти гены закрепиться в малочисленных изолированных популяциях – но это уже из области догадок.

Более правильной кажется гипотеза, выдвинутая Л.П.Сабанеевым: вислоухие “восточные” борзые получились в результате метизации борзых африканского происхождения “с туземными длинношерстными и длинноухими горными собаками”. От этих-то последних к ним вполне могли перейти и “волчьи” варианты митохондрий.

Багира 6859/07 В.А.Журбина-волк в 8-м колене. Ну и что? Самая обыкновенная лайка!
А насколько вообще можно доверять анализу митохондриальной ДНК при реконструкции истории той или иной собачьей породы?Попробуем посмотреть на него несколько с другой точки зрения. Например, один и тот же тип организации митохондриальной ДНК характерен для пиренейского мастифа и для ирландского волкодава. Вроде бы породы неродственные, да и обитают отнюдь не рядом. Однако заглянем в их прошлое. Пиренейский мастиф при ближайшем рассмотрении истории породы оказывается не вполне пиренейским и уж совсем не мастифом, а родственником венгерских овчарок – комондоров и кувачей. В Пиренеи подобные собаки были завезены вроде бы в Средние века. Интересно, но к Ирландии и к волкодавам отношения не имеет. Ирландский волкодав – порода, которую принято считать древней: дескать, ещё Страбон и Силий в I веке писали об “огромных борзых кельтов”. Но современный-то ирландский волкодав – порода по большей части реконструированная, возвращенная в XIX веке почти что из небытия. Восстанавливали её на основе скрещиваний немногочисленных ирландских волкодавов с их шотландскими родственниками – дирхаундами и немецкими догами. А к дирхаундам, брудастым шотландским борзым, в конце XVIII века для увеличения роста интенсивно приливали кровь… пиренейских горных собак, этих самых “мастифов”! Так что все правильно, вполне может у ирландского волкодава и пиренейской собаки быть общая структура ДНК.

Если судить по количеству изменений, накопленных митохондриальными ДНК собак и волков, пути этих видов разошлись около 135 тысяч лет назад. Это, казалось бы, противоречит данным археологии, определяющей “возраст” собак всего-навсего в 14 тысяч лет. Но всё дело, очевидно, в том, что ранние собаки наверняка не отличались от волков по своей морфологии! А кости волков (или уже собак?) вместе с костями первобытных людей обнаруживают даже в слоях, относящихся к раннему плейстоцену – это чуть ли не 400 тысяч лет назад. Похоже, что “четыре лапы ступают вслед” человеку куда дольше, чем мы предполагали.

Инна Шустрова, кандидат биологических наук.

[Shamyrat]

Среднее количество различий между двумя особями составило 4,2, что дает значение π 2,91 × 10-4. Ранее сообщалось о значении π для Y-хромосомы волка 0,4 × 10-4 [12], что в семь раз ниже, чем приведенное здесь значение для собак. Причина этого расхождения неясна.

Как видим разнообразие генов внутри видов собак гораздо больше, чем между видами волков, а это свидетельствует о том, что собаки древнее волков, и вероятнее всего волки давно одичавшие потомки некоторых видов собак. Это не должно нас удивлять, ведь даже в близкие исторические периоды мы видим свидетельства перехода домашних животных в дикое состояние, например как у мустангов и собак динго.