Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process

[asan-kaygy]

https://www.nature.com/articles/s41559-020-1106-9?proof=true

Цитата

Автоперевод
Высказано предположение, что переход неолита к сельскохозяйственной и скотоводческой экономике способствовал появлению адаптированных к человеку патогенов. Здесь мы обнаружили восемь Salmonella enterica subsp. геномы кишечника из скелетов человека переходных фуражиров, скотоводов и агропасторалистов в Западной Евразии, которым было до 6500 лет. Несмотря на высокое генетическое разнообразие S. enterica, все древние бактериальные геномы сгруппированы в одну ранее нехарактерную ветвь, которая содержит S. enterica, адаптированную к множеству видов млекопитающих. Все древние бактериальные геномы от доисторических (агро) скотоводов попадают в часть этой ветви, которая также включает специфичный для человека S. enterica Paratyphi C, иллюстрирующий эволюцию человеческого патогена за период в 5000 лет. Сравнение геномов бактерий позволяет предположить, что ранние древние штаммы не были специфичными для хозяина, различались по патогенному потенциалу и испытывали конвергентную псевдогенизацию, которая сопровождала их последующую адаптацию к хозяину. Эти наблюдения подтверждают концепцию, что появление адаптированного к человеку S. enterica связано с культурными трансформациями человека.

И кое-что по сэмплам
MUR009 Murzikhinsky II Russia 6,500–6,350 783,054 2.8 8.8 88.9
MUR019 Murzikhinsky II Russia 6,490–6,320 1,405,983 7.8 16.5 90.1
IV3002 Ipatovo 3 Russia 5,580–5,080 761,643 8.9 7.0 88.9
OBP001 Oberbipp Switzerland 5,320–5,070 138,083 0.5 1.2 59.3
IKI003 Ikiztepe Turkey 5,290–5,050 840,560 2.7 8.3 90.0
SUA004 Su Asedazzu Italy 4,300–4,010 2,517,870 11.5 24.0 93.2
MK3001 Marinskaja 3 Russia 2,990–2,870 79,534 0.8 0.7 37.8
ETR001 Chiusi Italy 1,810–1,620 1,977,148 24.5 17.8 93.7
 

We were
able to generate human nuclear and/or mitochondrial DNA data for all S. enterica-positive
individuals except OBP001 (Supplementary Table 1). Their genetic profiles were then compared
against a set of available ancient and modern human genomes. Principal component (PCA;
Extended Data Fig. 1A) and admixture (Extended Data Fig. 1B) analyses showed MUR009 is most
closely represented by Eastern hunter-gatherer (EHG) and lacks any Anatolian farmer genetic
ancestry. While MUR019, from the same Eneolithic archaeological site, did not yield sufficient
nuclear DNA for analysis, its mitochondrial haplogroup U5a1d2, a common EHG haplogroup18, is
8
shared with MUR009 and suggests a (maternal) relationship. Both Bronze Age samples IV3002 and
IKI003 are closely positioned in the PCA and both harbour Iranian and Anatolian farmer ancestry
commonly associated with domesticated animals (pastoralism). The Sardinian Early Bronze Age
individual SUA004 exhibits a similar genetic profile to other European Neolithic farmers. The
remaining samples, MK3001 and ETR001, are younger and represent European genetic ancestry
established after major prehistoric migrations, with MK3001 falling isolated in the PCA due to an
unaccounted East Asian component (Extended Data Fig. 2).
Notably, some individuals that provided high coverage S. enterica genomes poorly performed in
human nuclear DNA recovery while still providing enough mitochondrial DNA fragments. We
hypothesise that this observation is based on the higher copy number of bacterial genomes (when
pathogen load is high) and mitochondrial genomes compared to nuclear human genomes.

Цитата

 

MUR009; 4550-4404 BC; Murzikhinsky II, Tatarstan, Russia; Eneolithic (Ust-Kama type); Q-L472>F1096>F746*
MK3001; 1044-923 BC; Marinskaya 3, Russia; Iron Age; Q-L56>L53>L54>L330
https://anthrogenica.com/showthread.php?8066-Genetic-Genealogy-amp-Ancient-DNA-in-the-News-(DISCUSSION-ONLY)&p=649184&viewfull=1#post649184

http://forum.molgen.org/index.php/topic,70.msg474532.html#msg474532
http://old.kpfu.ru/amku/eneol.htm

MK3001 был похоронен в кургане рядом со станицей Марьинской (Ставропольский край).
 

Цитировать

MK3001, Marinskaya 3, Russia
Dating: 2994 – 2873 calBP (2831±20BP, MAMS29808)
N 43.905354°, E 43.521883°

The excavated mound 1, near the village of Marinskaya, was part of a cemetery of then three visible and several ploughed-over burial mounds on the high terrace of the river Kura. The site is situated in an herb-grass steppe environment, which was formerly intersected by forests. The barrow was more than 4 m high and about 40 m in diameter and surrounded by a circular ditch about 2.5 m deep, which was visible on aerial and satellite images and later partly excavated. The excavation of the mound revealed several phases of construction going back until the Maykop culture. MK3001, sampled from a molar, belongs to the Iron Age and the grave was without any inventory and severely damaged by later intrusion. While absent from the archaeological record, the economic system at that time comprised of intensive farming and a combined mountain agricultural system including animal husbandry and transhumance.

 

 

Цитировать

MK3001 falling isolated in the PCA due to an unaccounted East Asian component

 

 

Цитировать

MK3001 shows Asian genetic ancestry components represented by Nganasan, Kankanaey, Atayal, and Ami

 

Как видно, не только Y-DNA указывает на восточные корни.

 

 

[asan-kaygy]

Цитата

или восточноазиатские миграции были всегда или восточноазиаты жили везде от волосовцев до киммерийцев,
Q-L472>F1096>F746*    MUR009; 4550-4404 BC; Murzikhinsky II   
Q-L56>L53>L54>L330    MK3001; 1044-923 BC; Marinskaya 3     

 

[asan-kaygy]

 

Цитата

 

После 568 г. н.э. авары поселились в Карпатском бассейне и основали аварский каганат, который был важной державой в Центральной Европе до 9-го века. Часть аварского общества, вероятно, была азиатского происхождения
http://forum.molgen.org/index.php/topic,11779.msg480050.html#msg480050
Два мужчины (AC4 и AC7) из группы Transtisza принадлежат к двум различным гаплотипам Y-гаплогруппы Q1 (Таблица  S1 ). Оба гаплотипа Q1a2-YP791 (F1096, M25) и Q1b-Z35973 (L330, M346) не имеют ни прямых, ни одностадийных совпадений в мировой базе данных YHRD. Сеть гаплотипа Q1b-M346 показывает, что этот мужчина имел вероятное алтайское или южно-сибирское (тувинское) отцовское генетическое происхождение (рис.  S5 ). Согласно Балиновой и др ., Субгаплогруппа Q1a2-M25 составляет 43,5% отцовской линии популяции цаатан 19 .
https://www.nature.com/articles/s41598-019-57378-8#Fig1

 

AC4 - Q1a2-YP791 (F1096, M25) родственник тяньшаньскому гуну Uch-Kurbu  TianShanHun DA-105 TMRCA  1650 Culture: Tian-Shan Hun Date: 134-219 calCE   Y-DNA: Q-L715>YP844>L713>YP789>BZ1000
Cкорее всего возраст образованияTMRCA ветви YP789 должен увеличится на пару веков, если нет ошибки в датировке останков DA-105

 

 

[asan-kaygy]

Цитата

RISE683
Чёткий Q-L715
YP6111   , YP787   , YP797   , Y143726   , Y146280   , YP800   , YP801   , YP805   , YP807   , YP4269   , YP815   , YP818   , YP828   , YP830   , YP832   , Y149290   , YP846   , YP851   , YP855   , Y9304  

 

[Samtat]

1 час назад, asan-kaygy сказал:

 

Это образец окуневской культуры :Okunevo_EMBA RISE683 Q-L712 Q-L712 Q1a1b1

https://forum-eurasica.ru/topic/5868-палеоднк-археологические-культуры-бронзового-века/?do=findComment&comment=366029