ДНК-проект: общие вопросы

[Samtat]

Работа относительно старая, но в ней есть приложение с гаплотипами туркмен, узбеков, пуштунов, монгол , кыргызов и таджиков:

Afghan Hindu Kush: Where Eurasian Sub-Continent Gene Flows Converge

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0076748#pone.0076748.s014

[Samtat]

В этой работе есть гаплотипы каракалпаков,туркмен, узбеков и казахов:

http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(06)02433-X

Правда крайне короткие

[asan-kaygy]

Да видели, по кзаахам Дмитрий Адамов немного разбирал. По Каракалпакам вроде я рассматривал

[Samtat]

Гаплогруппы вероятно определить не удалось?

[asan-kaygy]

На глаз по казахам. С2-М48 много, что понятно с учетом тех родов

[Samtat]

Материал у них громадный, а информативность низкая. Видимо 10 лет назад и этого было много. Но гаплотипы забивать в предиктор смысла не имеет, к сожалению.

[Samtat]

Гаплотипы казахов и уйгуров Китая, работа 2014:

http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:njaWKAdnygwJ:https://static-content.springer.com/esm/art%253A10.1007%252Fs00414-013-0948-y/MediaObjects/414_2013_948_MOESM2_ESM.xls+&cd=1&hl=ru&ct=clnk&gws_rd=cr&ei=KZfVVpSaIMP6swHXnJLYCA

[Samtat]

По уйгурам прогнал 217 гаплотипов: R1a= 62, О=18, С=17, Q=16, R1b=16, G=15, J=33 и т.д.

[Турист]

По уйгурам прогнал 217 гаплотипов: R1a= 62, О=18, С=17, Q=16, R1b=16, G=15, J=33 и т.д.

И к кому они ближе ? К киргизам ?

[Samtat]

Если оценивать весь генофонд целиком, то к уйгурам. А так, думаю общие линии найдутся со всеми, и с казахами и кыргызами. Гаплотипы всё равно коротковатые, чтобы сравнивать в ручную. В этой выборке уйгуров большое гаплогруппное и гаплотипное разнообразие. ИМХО.

http://forum-eurasica.ru/index.php?/topic/5133-gaplotipy-ujgurov/?p=190950

[Samtat]

Гаплотипы казахов и уйгуров Китая, работа 2014:

http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:njaWKAdnygwJ:https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1007%2Fs00414-013-0948-y/MediaObjects/414_2013_948_MOESM2_ESM.xls+&cd=1&hl=ru&ct=clnk&gws_rd=cr&ei=KZfVVpSaIMP6swHXnJLYCA

Думаю стоит оставить ссылку на работу

http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00414-013-0948-y

[asan-kaygy]

https://vlast.kz/avtory/16071-neandertalec-vnutri-mena.html

[Samtat]

В этой работе:

http://www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=6248

значение локусов DYS385a/b записывается например: 13-9;14-12;12-10. У меня подозрение, что на самом деле в таблице записано как DYS385 b/a. Есть ли вероятность,что авторы перепутали последовательность?

[Samtat]

Всё-таки склоняюсь, что значения локуса DYS385 записаны как "b/a", вместо правильного "a/b". Аналогичная ситуация с YCAIIa/b, значения которого записаны как : 26/21, 24/20 или 22/19.

[Samtat]

Имеется хорошая работа:
http://www.nature.com/ejhg/journal/v23/n10/full/ejhg2014285a.html
http://www.nature.com/ejhg/journal/v23/n10/suppinfo/ejhg2014285s1.html

В ней есть короткие гаплотипы каракалпаков,туркмен,казахов,кыргызов, узбеков, с указанием гаплогруппы. У каракалпаков указывается родо-племенная принадлежность. По туркменам заметен большой процент R1a.

[Шад]

Q1b среди них встречается? Гаплотипы через предиктор не проверяли? 

 

 

UPD Вопрос снимаю. Вспомнил, что смотрел - там было только по 9 маркеров... 

http://forum.molgen.org/index.php/topic,7763.msg276293.html#msg276293

Изменено 27 марта, 2016 пользователем Шад

[Samtat]

Жаль , что отсутствует З85 локус, значение предиктора были бы точнее. 

[asan-kaygy]

https://ridero.ru/books/etnogenez_narodov_kavkaza/

Сам не покупал еще.

[asan-kaygy]

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3559.html

Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences

G David Poznik, Yali Xue, Fernando L Mendez, Thomas F Willems, Andrea Massaia, Melissa A Wilson Sayres, Qasim Ayub, Shane A McCarthy, Apurva Narechania, Seva Kashin, Yuan Chen, Ruby Banerjee, Juan L Rodriguez-Flores, Maria Cerezo, Haojing Shao, Melissa Gymrek, Ankit Malhotra, Sandra Louzada, Rob Desalle, Graham R S Ritchie, Eliza Cerveira, Tomas W Fitzgerald, Erik Garrison, Anthony Marcketta, David Mittelman, Mallory Romanovitch, Chengsheng Zhang, Xiangqun Zheng-Bradley, Gonçalo R Abecasis, Steven A McCarroll, Paul Flicek, Peter A Underhill, Lachlan Coin, Daniel R Zerbino, Fengtang Yang, Charles Lee, Laura Clarke, Adam Auton, Yaniv Erlich, Robert E Handsaker, The 1000 Genomes Project Consortium, Carlos D Bustamante & Chris Tyler-Smith

Abstract

We report the sequences of 1,244 human Y chromosomes randomly ascertained from 26 worldwide populations by the 1000 Genomes Project. We discovered more than 65,000 variants, including single-nucleotide variants, multiple-nucleotide variants, insertions and deletions, short tandem repeats, and copy number variants. Of these, copy number variants contribute the greatest predicted functional impact. We constructed a calibrated phylogenetic tree on the basis of binary single-nucleotide variants and projected the more complex variants onto it, estimating the number of mutations for each class. Our phylogeny shows bursts of extreme expansion in male numbers that have occurred independently among each of the five continental superpopulations examined, at times of known migrations and technological innovations.

[Шад]

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.3559.html

Punctuated bursts in human male demography inferred from 1,244 worldwide Y-chromosome sequences

G David Poznik, Yali Xue, Fernando L Mendez, Thomas F Willems, Andrea Massaia, Melissa A Wilson Sayres, Qasim Ayub, Shane A McCarthy, Apurva Narechania, Seva Kashin, Yuan Chen, Ruby Banerjee, Juan L Rodriguez-Flores, Maria Cerezo, Haojing Shao, Melissa Gymrek, Ankit Malhotra, Sandra Louzada, Rob Desalle, Graham R S Ritchie, Eliza Cerveira, Tomas W Fitzgerald, Erik Garrison, Anthony Marcketta, David Mittelman, Mallory Romanovitch, Chengsheng Zhang, Xiangqun Zheng-Bradley, Gonçalo R Abecasis, Steven A McCarroll, Paul Flicek, Peter A Underhill, Lachlan Coin, Daniel R Zerbino, Fengtang Yang, Charles Lee, Laura Clarke, Adam Auton, Yaniv Erlich, Robert E Handsaker, The 1000 Genomes Project Consortium, Carlos D Bustamante & Chris Tyler-Smith

Abstract

We report the sequences of 1,244 human Y chromosomes randomly ascertained from 26 worldwide populations by the 1000 Genomes Project. We discovered more than 65,000 variants, including single-nucleotide variants, multiple-nucleotide variants, insertions and deletions, short tandem repeats, and copy number variants. Of these, copy number variants contribute the greatest predicted functional impact. We constructed a calibrated phylogenetic tree on the basis of binary single-nucleotide variants and projected the more complex variants onto it, estimating the number of mutations for each class. Our phylogeny shows bursts of extreme expansion in male numbers that have occurred independently among each of the five continental superpopulations examined, at times of known migrations and technological innovations.

 

Они не пересеквенировали образцы? Была информация, что все образцы 1000 Genomes Project будут отсеквенированы заново, в более высоком разрешении, и доступны для скачивания в виде BAM файлов. 

[asan-kaygy]

От Фарруха

http://xn--80acmmcjdjkaga7e.xn--p1ai/download/free/g2v2g2dmkniu

При работе с 17-маркёрными галотипами форматов YFiler-1 и YFiler-2 нередко возникает необходимость конвертировать их в более привычный формат FTDNA, корректируя очерёдность маркёров и значение GATA H4. Занятие оное весьма муторное, поэтому чтобы не морочиться автор этих строк решил сваять простенький экселевский файлик, успешно решающий данную задачу.

[Samtat]

Я вручную перекладываю в формат ФТДНА. Если файл пдф, то сначала конвертирую в ворд, затем копирую в эксел.

[asan-kaygy]

Бред

http://archeonews.ru/chto-obshhego-mezhdu-buddoj-shakyamuni-i-sovremennymi-najmanami/

[ZOOTECHNICIAN]

Бред

http://archeonews.ru/chto-obshhego-mezhdu-buddoj-shakyamuni-i-sovremennymi-najmanami/

Лавры "Фоменок" покоя не дают, и заработать хочется.... 

[asan-kaygy]

Фильм про Будду.  ;D

3 результата ни о чем не сказали.