Guest vraatyah Posted October 13, 2004 Share Posted October 13, 2004 Марина Бермишева наконец опубликовала свое исследование по мтДНК ногайцев. Phylogeographic Analysis of Mitochondrial DNA in the Nogays: A Strong Mixture of Maternal Lineages from Eastern and Western Eurasia Работу можно найти здесь: http://evolutsioon.ut.ee/publications/Bermisheva2004.pdf Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Shalkar Posted October 13, 2004 Share Posted October 13, 2004 В каком формате смотреть??? Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted October 13, 2004 Share Posted October 13, 2004 Adobe Acrobat Reader от 4.0 Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Shalkar Posted October 13, 2004 Share Posted October 13, 2004 может как-то расшифруете и разместите здесь. нету такого акробата. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Эльтебер Posted October 13, 2004 Share Posted October 13, 2004 может как-то расшифруете и разместите здесь. нету такого акробата. PDF файлы можно читать используя программу Adobe Reader. Программу можно бесплатно загрузить на следующей странице: http://www.adobe.com/products/acrobat/readstep2.html Link to comment Share on other sites More sharing options...
Admin Rust Posted October 14, 2004 Admin Share Posted October 14, 2004 Кто-нибудь добрый бы еще перевел текст и дал разъяснения по близости ногайцев тем или иным современным народам Евразии. Есть такие подвижники? Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted October 14, 2004 Share Posted October 14, 2004 mtDNA Haplogroups in Nogays (%) East-Asian: M1 0.48 A 5.34 B 1.46 C 12.14 Z 2.43 D 7.77 F 2.91 G 6.31 M10 1.94 M8 0.48 West-Eurasian: N1b 0.48 pre-V 1.46 V 0.48 H 22.33 HV 0.97 I 2.43 J 2.91 T 4.37 U1 1.94 U2 2.42 U3 5.34 U4 1.94 U5 2.91 K 2.91 U8 0.48 W 0.97 X 3.88 Eurasian R* 0.48 Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted October 14, 2004 Share Posted October 14, 2004 Выбрал для сравнния 90 популяций Евразии, но к сожалению, многое пришлось порезать - так как данные до сих пор не опубликованы. Что осталось: Adygs 0,2133 Altaians 0,3164 Altaic-speaking from China 1,837 Azeris 0,2457 Bashkirs 0,2592 Chuvash 0,2532 Finns 0,2708 Georgians 0,4064 Japanese 2,4807 Kabardians 0,3106 Kazakhs 0,2206 Kets 0,731 Khakassians 0,8348 Kirghiz highland 0,3392 Kirghiz lowland 0,3967 Koreans from China 2,2824 Scythes of L-Fox 0,4501 Mongols 0,5356 Mongols from China 1,9641 Ossets northern 0,2237 Poles 0,2046 Russians 0,2170 Sojots 1,6553 Tatars 0,2086 Turkey 0,1875 Turkish Iran 0,2531 Turkmen 0,3813 Tuva 0,6057 Udmurts 0,3184 Uighurs 0,3293 Uzbeks 0,3628 Yakuts 0,9086 Ближе всего гагаузы и некоторые группы казахов, но я их не включил. Небольшое примечание. Между всеми популяциями Азии расстояния обычно довольно велики, тогда как между европейскими популяциями они примерно в 10 раз меньше. Связано это по-видимому с большим разнообразием типов в восточной части Евразии. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted October 14, 2004 Share Posted October 14, 2004 Также удалил часть киргизов - северные к ногайцам в 2 раза ближе чем южные. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Admin Rust Posted October 15, 2004 Admin Share Posted October 15, 2004 Большой рахмат за приведенные данные. Примерная интерпретация близости северных киргизов к ногайцам может объясняться и большой близостью северных киргизов (в особенности северо-западных, у которых сильно выражены казахские особенности языка) к казахам, в противовес южным. Кстати в тескте указаны "горные" и "равниные" киргизы - это же не совсем южные и северные? Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted October 15, 2004 Share Posted October 15, 2004 почти, но выборки разные. неопубликованные (которые названы С и Ю) - значительно больше. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Барак Posted October 19, 2004 Share Posted October 19, 2004 В некотором роде в тему: ПОЛИМОРФИЗМ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК В КАЗАХСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ Березина Г.М. , Святова Г.С. , Абдуллаева А.М. , Бермишева М.А. , Кутуев И. , Хуснутдинова Э.К. Республиканский Центр охраны здоровья матери и ребенка Минздрава Республики Казахстан, Институт биохимии и генетики УНЦ РАН, Уфа. Материалом исследования послужила ДНК, выделенная из периферической крови 246 казахов (мужчин), собранных у не родственных лиц в популяциях различных регионов Республики Казахстан. Впервые проведено изучение разнообразия нуклеотидных последовательностей гипервариабнльного сегмента 1 (ГВСI) митохондриальной ДНК этноса казахов. В исследованной этнической группе казахов установлен высокий уровень разнообразия гаплотипов мтДНК и сформированных на их основе гаплогрупп. Полиморфизм контрольного ГВСI мтДНК в казахской популяции зарегистрирован в 120 сайтах. Было выявлено 38 гаплогрупп мтДНК. Уровень уникальных гаплотипов составил 64,6% у казахов и сопоставим с некоторыми популяциями Волго Уральского региона (ВУР) (у чувашей –64%; башкир – 88%; татар – 80%). Индекс гаплотипического разнообразия у казахов равен 0,99. Аналогичные значения получены для ВУР: у чувашей и башкир – 0,98, у татар – 0,99. Индекс генного разнообразия, вычисленный по частотам гаплогрупп, у казахов составил 0,93. Аналогичный показатель по данным литературы в популяции киргизов составил 0,87, узбеков – 0,92 и таджиков – 0,85 [Голубенко с соавт., 2002]. В ходе исследований было обнаружено, что 58 % мтДНК казахов составили монголоидные гаплогруппы (D, C, G, A, М., F). Гаплогруппа D у казахов была найдена с более высокой частотой (17,9 %), чем у народов ВУР (у башкир 9,0 %; у татар 2,6 %). Гаплогруппы C, G встречаются с более высокой частотой (16 %) у казахов, чем у башкир (C 11,8 % и G 4,5 %) и татар (C и G 1,8 %). Гаплогруппы A, М. и F были найдены с частотами 3,25 %; 2,85%; 2,44% у казахов, соответственно. Гаплогруппа М с большей частотой встречается в популяциях ВУР (у башкир 27,6 %; у татар 8,8 %). Европеоидные гаплогрпуппы: (H, T, J, K, U2, I, U5, HV) обнаружены у казахов с частотой 41,46 %. Гаплогруппа H составила 13 % у казахов, что меньше по сравнению с татарами ВУР 30,7 %. Частоты гаплогрупп T, J, K составили 3,34,1%. Гаплогруппа I редко встречается у казахов (0,41%), у башкир (1,4%) и у татар (0,9%). Гаплогруппы U5 (3,25%) and T (4,07%) более часто встречаются у казахов, чем у других тюркоязычных народов Сибири (0,0%), но менее часто, чем в популяциях ВУР (T 6,9% и U 25,9%). Гаплогруппы V (0,81%) и W (1,63%) с низкой частотой выявлены у казахов и в тюркоязычных популяциях: у татар (V и W 1,3%), башкир (V 2,7% и W 1,4%). Высокий уровень генетической вариабельности мтДНК казахов можно объяснить сложным этногенезом казахского народа. Полученные данные дают возможность изучить филогенетические корни казахов по женской линии и определить их место среди этнических групп в Европе и Азии. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted October 19, 2004 Share Posted October 19, 2004 Данные которые вы упоминаете принадлежат в основном Марине Бермишевой (Тарту) Это несколько выборок, в сумме 500 человек. В списке я привел самую "близкую", она опубликована автором. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted October 20, 2004 Share Posted October 20, 2004 расстояния от татар до некоторых популяций западной Евразии по мтДНК: Башкиры - 0.347 Удмурты - 0.289 Ногаи - 0.187 Коми-Пермяки - 0.119 Турки - 0.085 Мордва - 0.082 Чуваши - 0.053 Марийцы - 0.046 Норвежцы - 0.039 Поляки - 0.039 Русские - 0.033 Немцы - 0.033 Добавление Расстояния от чувашей - в связи с новой дискуссией о Булгарии на tatforum'е Башкиры 0,34 Немцы 0,088 Коми-пермяки 0,124 Марийцы 0,057 Мордва 0,155 Ногайцы 0,252 Норвежцы 0,109 Поляки 0,097 Турки 0,176 Удмурты 0,305 Link to comment Share on other sites More sharing options...
аскер Posted October 20, 2004 Share Posted October 20, 2004 Валерий, вы хотите сказать, что немцы к татарам ближе чем башкиры?! Речь ведь о "расстоянии" идет, как я понимаю: чем меньше цифра растояния тем ближе. Или речь о "корреляции мтДНК": то есть чем цифра ближе к единице тем родственнее народ? Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted October 20, 2004 Share Posted October 20, 2004 Чем ближе к 0 - тем ближе по происхождению. Здесь я привел расстояния Нея по мтДНК. Это - ln I где I - генетическое сходство, которое для абсолютно совпадающих популяций равно 1. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest Edige Posted November 18, 2004 Share Posted November 18, 2004 Ногаи - 0.187 это что означает интересно? Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted November 20, 2004 Share Posted November 20, 2004 Степень близости, для сравнения в списке дано несколько популяций. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest ikutuev Posted November 23, 2004 Share Posted November 23, 2004 Здравствуйте, все! Я могу ответить выслать при желании всем русскую версию статьи по ногайцам поскольку я соавтор этой статьи и по большому счету автор идеи. А также ответить на некоторые вопросы в той области которой я занимаюсь: анализ мтДНК, Y хромосомы в популяциях Волго-Уральского региона, Кавказа и Центральной Азии. Кутуев Ильдус Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest ikutuev Posted November 23, 2004 Share Posted November 23, 2004 Чем ближе к 0 - тем ближе по происхождению. Здесь я привел расстояния Нея по мтДНК. Это - ln I где I - генетическое сходство, которое для абсолютно совпадающих популяций равно 1. Какое именно расстояние Нея вы использовали? И в качестве комментария. Я бы не стал слишком полагаться на любые генетические расстояния в случае анализа мтДНК и Y хромосомы. Дело в том, что все-таки это кладистический подход и на него грубо говоря в значительной степени влияют стохастические процессы в популяциях. Таким образом, можно получить близость абсолютно разных по происхождению популяций, в которых дрейф например мог привести к формированию сходной картины в частотах гаплогрупп. К тому же без анализа собственно линий такой анализ является несколько поверхностным. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted November 23, 2004 Share Posted November 23, 2004 Я пользовался как классической работой Takezaki-Nei 1996 так и формулой с поправками на непрерывность. Здесь скорее всего с поправкой, считалось на sql сервере. В базе по которой делал N= кажется 186 а не 206 как у вас. А точность и тем более корректность - ну какой смысл о ней говорить коли пришлось удалить практически все интересное, ведь это неопубликованные данные! Но в масштабах неевропейских расстояний они все равно более-менее корректны, хотя и ошибка значительно больше. >Дело в том, что все-таки это кладистический подход и на него грубо говоря в значительной степени влияют стохастические процессы в популяциях. Таким образом, можно получить близость абсолютно разных по происхождению популяций, в которых дрейф например мог привести к формированию сходной картины в частотах гаплогрупп. Ильдус, может стоит перенести более серьезный разговор на genofond.ru - там мы скоро откроем форум, пока он пустой? Вообще я давно хотел чтобы Олег Б. меня с вами каким-то образом познакомил, но похоже что это случилось само собой. Google наверное? ) А если често то часто ли встречали вы ОДИНАКОВЫЕ профили РАЗНЫХ по происхождению популяций? Разве что если брать не M7 например а M - может быть. Хорошо, будем считать по ГВС1-гаплотипам а не по гаплогруппам, в случае ambiguity учитывая гаплогруппу, это предельная точность, но где взять выборки такого гигантского размера чтобы были реальные пересечения между популяциями? Скажем для русских с Европой это наверное уже возможно, но что тогда ничего не считать для популяций по которым еще только 100-200 образцов? Могу ли я обосновать это? Наверное да. Представьте алгоритм, который перебирает популяции и считает Нея, причем для каждой пары движется от уровня где-то порядка U5a до самого верха филогении (типа N), когда понятие расстояния не теряет смысл но практически непригодно. Реализовать это пара пустяков, подозреваю что все достаточно большие выборки будут уникальны по "векторам" их расстояний до каких-то заранее выбранных "эталонов". И конечно будут совпадать на верхнем уровне, в Европе это будет вообще 0. >К тому же без анализа собственно линий такой анализ является несколько поверхностным. общие с ногайцами линии смотрел - есть совпадения с неопубликованными выборками, поэтому и не приводил %. Конечно, можно посчитать, с учетом размеров выборок. Кстати, интересный случай: вы видели L-Fox'овских скифов? Там есть 129-223-294, еще 1 в Сев Осетии. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted November 23, 2004 Share Posted November 23, 2004 >анализ мтДНК, Y хромосомы в популяциях Волго-Уральского региона, Кавказа и Центральной Азии. Кавказ конечно почти белое пятно, покуда нет серьезных публикаций. Мы недавно решили что те данные которые есть в Тарту недостаточны и решили взять Насидзе (+еще кое-что) с hvrbase. Увы, там только сиквенсы и нет ПДРФ. А вот по ЦА наверное здесь было бы очень интересно привести некоторые расстояния и PC, увы все казахские выборки неопубликованы кроме Comas, я не вправе показывать данные которые мне не принадлежат, но вы Ильдус как автор можете сами решать о чем можно рассказать а о чем нет. Ведь расстояния вычисленные по неопубликованным данным - тоже собственность их автора. Еще, Ильдус, пожалуйста, загляните сюда http://www.kyrgyz.ru/forum/index.php?showtopic=1082&st=30 в самом низу страницы Василию вы можете ответить куда лучше, я занимаюсь только мт а там вопрос по Y. Я бы тоже очень хотел послушать что вы думаете по этому вопросу. Еще Василий задавал вопросы по якутским ашелям - и здесь уверен вы расскажете много интересного, может по соседним популяциям? Link to comment Share on other sites More sharing options...
Хак-Назар б. Касым Posted November 24, 2004 Share Posted November 24, 2004 Пожалуйста расскажите подробнее о степени близости казахов и ногайцев. Какие именно группы казахов ближе к ногайцам и т.д. Link to comment Share on other sites More sharing options...
Clavis Posted December 20, 2004 Share Posted December 20, 2004 vraatyah Русские - 0.033 Немцы - 0.033 Вызывает удивление низкое расстояние Нея. Из публикаций по ВУР, у казанских татар от 12 до 15% случаях мтДНК относится к азиатским линиям, а у немцев, очевидно, в редких случаях. Тут нет ошибки? может, приведенные данные относятся, скажем, к крымским татарам? Link to comment Share on other sites More sharing options...
Guest vraatyah Posted December 20, 2004 Share Posted December 20, 2004 Нет, татары самые что ни на есть альметьевские. Немцы взяты из Нижней Саксонии, где самая представительная выборка. От совокупной русской выборки до тех же немцев расстояние примерно 0.005. Здесь имеет значение не столько совпадение набора гаплогрупп сколько конкретные значения частот. Link to comment Share on other sites More sharing options...
