Ногайский ДНК-проект

[Гость vraatyah]

Марина Бермишева наконец опубликовала свое исследование по мтДНК ногайцев.

Phylogeographic Analysis of Mitochondrial DNA in the Nogays:

A Strong Mixture of Maternal Lineages

from Eastern and Western Eurasia

Работу можно найти здесь:

http://evolutsioon.ut.ee/publications/Bermisheva2004.pdf

[Гость Shalkar]

В каком формате смотреть???

[Гость vraatyah]

Adobe Acrobat Reader от 4.0

[Гость Shalkar]

может как-то расшифруете и разместите здесь. нету такого акробата.

[Гость Эльтебер]

может как-то расшифруете и разместите здесь. нету такого акробата.

PDF файлы можно читать используя программу Adobe Reader.

Программу можно бесплатно загрузить на следующей странице:

http://www.adobe.com/products/acrobat/readstep2.html

[Rust]

Кто-нибудь добрый бы еще перевел текст и дал разъяснения по близости ногайцев тем или иным современным народам Евразии. Есть такие подвижники?

[Гость vraatyah]

mtDNA Haplogroups in Nogays (%)

East-Asian:

M1 0.48

A 5.34

B 1.46

C 12.14

Z 2.43

D 7.77

F 2.91

G 6.31

M10 1.94

M8 0.48

West-Eurasian:

N1b 0.48

pre-V 1.46

V 0.48

H 22.33

HV 0.97

I 2.43

J 2.91

T 4.37

U1 1.94

U2 2.42

U3 5.34

U4 1.94

U5 2.91

K 2.91

U8 0.48

W 0.97

X 3.88

Eurasian

R* 0.48

[Гость vraatyah]

Выбрал для сравнния 90 популяций Евразии, но к сожалению, многое пришлось порезать - так как данные до сих пор не опубликованы. Что осталось:

Adygs 0,2133

Altaians 0,3164

Altaic-speaking from China 1,837

Azeris 0,2457

Bashkirs 0,2592

Chuvash 0,2532

Finns 0,2708

Georgians 0,4064

Japanese 2,4807

Kabardians 0,3106

Kazakhs 0,2206

Kets 0,731

Khakassians 0,8348

Kirghiz highland 0,3392

Kirghiz lowland 0,3967

Koreans from China 2,2824

Scythes of L-Fox 0,4501

Mongols 0,5356

Mongols from China 1,9641

Ossets northern 0,2237

Poles 0,2046

Russians 0,2170

Sojots 1,6553

Tatars 0,2086

Turkey 0,1875

Turkish Iran 0,2531

Turkmen 0,3813

Tuva 0,6057

Udmurts 0,3184

Uighurs 0,3293

Uzbeks 0,3628

Yakuts 0,9086

Ближе всего гагаузы и некоторые группы казахов, но я их не включил.

Небольшое примечание. Между всеми популяциями Азии расстояния обычно довольно велики, тогда как между европейскими популяциями они примерно в 10 раз меньше. Связано это по-видимому с большим разнообразием типов в восточной части Евразии.

[Гость vraatyah]

Также удалил часть киргизов - северные к ногайцам в 2 раза ближе чем южные.

[Rust]

Большой рахмат за приведенные данные. Примерная интерпретация близости северных киргизов к ногайцам может объясняться и большой близостью северных киргизов (в особенности северо-западных, у которых сильно выражены казахские особенности языка) к казахам, в противовес южным.

Кстати в тескте указаны "горные" и "равниные" киргизы - это же не совсем южные и северные?

[Гость vraatyah]

почти, но выборки разные. неопубликованные (которые названы С и Ю) - значительно больше.

[Барак]

В некотором роде в тему:

ПОЛИМОРФИЗМ МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК В КАЗАХСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ

Березина Г.М. , Святова Г.С. , Абдуллаева А.М. , Бермишева М.А. , Кутуев И. ,

Хуснутдинова Э.К.

Республиканский Центр охраны здоровья матери и ребенка Минздрава Республики Казахстан,

Институт биохимии и генетики УНЦ РАН, Уфа.

Материалом исследования послужила ДНК, выделенная из периферической крови 246

казахов (мужчин), собранных у не родственных лиц в популяциях различных регионов Республики

Казахстан. Впервые проведено изучение разнообразия нуклеотидных последовательностей

гипервариабнльного сегмента 1 (ГВСI) митохондриальной ДНК этноса казахов. В исследованной

этнической группе казахов установлен высокий уровень разнообразия гаплотипов мтДНК и

сформированных на их основе гаплогрупп. Полиморфизм контрольного ГВСI мтДНК в казахской

популяции зарегистрирован в 120 сайтах. Было выявлено 38 гаплогрупп мтДНК. Уровень

уникальных гаплотипов составил 64,6% у казахов и сопоставим с некоторыми популяциями Волго

Уральского региона (ВУР) (у чувашей –64%; башкир – 88%; татар – 80%). Индекс

гаплотипического разнообразия у казахов равен 0,99. Аналогичные значения получены для ВУР: у

чувашей и башкир – 0,98, у татар – 0,99. Индекс генного разнообразия, вычисленный по частотам

гаплогрупп, у казахов составил 0,93. Аналогичный показатель по данным литературы в популяции

киргизов составил 0,87, узбеков – 0,92 и таджиков – 0,85 [Голубенко с соавт., 2002].

В ходе исследований было обнаружено, что 58 % мтДНК казахов составили монголоидные

гаплогруппы (D, C, G, A, М., F). Гаплогруппа D у казахов была найдена с более высокой частотой

(17,9 %), чем у народов ВУР (у башкир 9,0 %; у татар 2,6 %). Гаплогруппы C, G встречаются с

более высокой частотой (16 %) у казахов, чем у башкир (C 11,8 % и G 4,5 %) и татар (C и G 1,8

%). Гаплогруппы A, М. и F были найдены с частотами 3,25 %; 2,85%; 2,44% у казахов,

соответственно. Гаплогруппа М с большей частотой встречается в популяциях ВУР (у башкир 27,6

%; у татар 8,8 %).

Европеоидные гаплогрпуппы: (H, T, J, K, U2, I, U5, HV) обнаружены у казахов с частотой

41,46 %. Гаплогруппа H составила 13 % у казахов, что меньше по сравнению с татарами ВУР 30,7

%. Частоты гаплогрупп T, J, K составили 3,34,1%. Гаплогруппа I редко встречается у казахов

(0,41%), у башкир (1,4%) и у татар (0,9%). Гаплогруппы U5 (3,25%) and T (4,07%) более часто

встречаются у казахов, чем у других тюркоязычных народов Сибири (0,0%), но менее часто, чем в

популяциях ВУР (T 6,9% и U 25,9%). Гаплогруппы V (0,81%) и W (1,63%) с низкой частотой

выявлены у казахов и в тюркоязычных популяциях: у татар (V и W 1,3%), башкир (V 2,7% и W

1,4%).

Высокий уровень генетической вариабельности мтДНК казахов можно объяснить сложным

этногенезом казахского народа. Полученные данные дают возможность изучить филогенетические

корни казахов по женской линии и определить их место среди этнических групп в Европе и Азии.

[Гость vraatyah]

Данные которые вы упоминаете принадлежат в основном Марине Бермишевой (Тарту) Это несколько выборок, в сумме 500 человек. В списке я привел самую "близкую", она опубликована автором.

[Гость vraatyah]

расстояния от татар до некоторых популяций западной Евразии по мтДНК:

Башкиры - 0.347

Удмурты - 0.289

Ногаи - 0.187

Коми-Пермяки - 0.119

Турки - 0.085

Мордва - 0.082

Чуваши - 0.053

Марийцы - 0.046

Норвежцы - 0.039

Поляки - 0.039

Русские - 0.033

Немцы - 0.033

Добавление

Расстояния от чувашей - в связи с новой дискуссией о Булгарии на tatforum'е

Башкиры 0,34

Немцы 0,088

Коми-пермяки 0,124

Марийцы 0,057

Мордва 0,155

Ногайцы 0,252

Норвежцы 0,109

Поляки 0,097

Турки 0,176

Удмурты 0,305

[аскер]

Валерий, вы хотите сказать, что немцы к татарам ближе чем башкиры?! Речь ведь о "расстоянии" идет, как я понимаю: чем меньше цифра растояния тем ближе. Или речь о "корреляции мтДНК": то есть чем цифра ближе к единице тем родственнее народ?

[Гость vraatyah]

Чем ближе к 0 - тем ближе по происхождению. Здесь я привел расстояния Нея по мтДНК. Это

- ln I

где I - генетическое сходство, которое для абсолютно совпадающих популяций равно 1.

[Гость Edige]

Ногаи - 0.187 это что означает интересно?

[Гость vraatyah]

Степень близости, для сравнения в списке дано несколько популяций.

[Гость ikutuev]

Здравствуйте, все!

Я могу ответить выслать при желании всем русскую версию статьи по ногайцам поскольку я соавтор этой статьи и по большому счету автор идеи. А также ответить на некоторые вопросы в той области которой я занимаюсь: анализ мтДНК, Y хромосомы в популяциях Волго-Уральского региона, Кавказа и Центральной Азии.

Кутуев Ильдус

[Гость ikutuev]

Чем ближе к 0 - тем ближе по происхождению. Здесь я привел расстояния Нея по мтДНК. Это

- ln I

где I - генетическое сходство, которое для абсолютно совпадающих популяций равно 1.

Какое именно расстояние Нея вы использовали?

И в качестве комментария. Я бы не стал слишком полагаться на любые генетические расстояния в случае анализа мтДНК и Y хромосомы. Дело в том, что все-таки это кладистический подход и на него грубо говоря в значительной степени влияют стохастические процессы в популяциях. Таким образом, можно получить близость абсолютно разных по происхождению популяций, в которых дрейф например мог привести к формированию сходной картины в частотах гаплогрупп. К тому же без анализа собственно линий такой анализ является несколько поверхностным.

[Гость vraatyah]

Я пользовался как классической работой Takezaki-Nei 1996 так и формулой с поправками на непрерывность. Здесь скорее всего с поправкой, считалось на sql сервере. В базе по которой делал N= кажется 186 а не 206 как у вас.

А точность и тем более корректность - ну какой смысл о ней говорить коли пришлось удалить практически все интересное, ведь это неопубликованные данные! Но в масштабах неевропейских расстояний они все равно более-менее корректны, хотя и ошибка значительно больше.

>Дело в том, что все-таки это кладистический подход и на него грубо говоря в значительной степени влияют стохастические процессы в популяциях. Таким образом, можно получить близость абсолютно разных по происхождению популяций, в которых дрейф например мог привести к формированию сходной картины в частотах гаплогрупп.

Ильдус, может стоит перенести более серьезный разговор на genofond.ru - там мы скоро откроем форум, пока он пустой? Вообще я давно хотел чтобы Олег Б. меня с вами каким-то образом познакомил, но похоже что это случилось само собой. Google наверное? )

А если често то часто ли встречали вы ОДИНАКОВЫЕ профили РАЗНЫХ по происхождению популяций? Разве что если брать не M7 например а M - может быть. Хорошо, будем считать по ГВС1-гаплотипам а не по гаплогруппам, в случае ambiguity учитывая гаплогруппу, это предельная точность, но где взять выборки такого гигантского размера чтобы были реальные пересечения между популяциями? Скажем для русских с Европой это наверное уже возможно, но что тогда ничего не считать для популяций по которым еще только 100-200 образцов?

Могу ли я обосновать это? Наверное да. Представьте алгоритм, который перебирает популяции и считает Нея, причем для каждой пары движется от уровня где-то порядка U5a до самого верха филогении (типа N), когда понятие расстояния не теряет смысл но практически непригодно. Реализовать это пара пустяков, подозреваю что все достаточно большие выборки будут уникальны по "векторам" их расстояний до каких-то заранее выбранных "эталонов". И конечно будут совпадать на верхнем уровне, в Европе это будет вообще 0.

>К тому же без анализа собственно линий такой анализ является несколько поверхностным.

общие с ногайцами линии смотрел - есть совпадения с неопубликованными выборками, поэтому и не приводил %. Конечно, можно посчитать, с учетом размеров выборок.

Кстати, интересный случай: вы видели L-Fox'овских скифов? Там есть 129-223-294, еще 1 в Сев Осетии.

[Гость vraatyah]

>анализ мтДНК, Y хромосомы в популяциях Волго-Уральского региона, Кавказа и Центральной Азии.

Кавказ конечно почти белое пятно, покуда нет серьезных публикаций. Мы недавно решили что те данные которые есть в Тарту недостаточны и решили взять Насидзе (+еще кое-что) с hvrbase. Увы, там только сиквенсы и нет ПДРФ.

А вот по ЦА наверное здесь было бы очень интересно привести некоторые расстояния и PC, увы все казахские выборки неопубликованы кроме Comas, я не вправе показывать данные которые мне не принадлежат, но вы Ильдус как автор можете сами решать о чем можно рассказать а о чем нет. Ведь расстояния вычисленные по неопубликованным данным - тоже собственность их автора.

Еще, Ильдус, пожалуйста, загляните сюда

http://www.kyrgyz.ru/forum/index.php?showtopic=1082&st=30

в самом низу страницы

Василию вы можете ответить куда лучше, я занимаюсь только мт а там вопрос по Y. Я бы тоже очень хотел послушать что вы думаете по этому вопросу. Еще Василий задавал вопросы по якутским ашелям - и здесь уверен вы расскажете много интересного, может по соседним популяциям?

[Хак-Назар б. Касым]

Пожалуйста расскажите подробнее о степени близости казахов и ногайцев. Какие именно группы казахов ближе к ногайцам и т.д.

[Clavis]

vraatyah

Русские - 0.033

Немцы - 0.033

Вызывает удивление низкое расстояние Нея. Из публикаций по ВУР, у казанских татар от 12 до 15% случаях мтДНК относится к азиатским линиям, а у немцев, очевидно, в редких случаях. Тут нет ошибки? может, приведенные данные относятся, скажем, к крымским татарам?

[Гость vraatyah]

Нет, татары самые что ни на есть альметьевские. Немцы взяты из Нижней Саксонии, где самая представительная выборка. От совокупной русской выборки до тех же немцев расстояние примерно 0.005.

Здесь имеет значение не столько совпадение набора гаплогрупп сколько конкретные значения частот.