Казахский ДНК-проект

[boranbai_bi]

43 минуты назад, Zerek сказал:

Там еще вывод, интересный, что самые близкие народы казахам это уйгуры, эвены, калмыки и хазарейцы.
Хотя наверное у китайских казахов было достаточно смешивания с уйгурами и калмыками.

просто там нет каракалпаков, ногайцев и видимо по какой то причине не учли кыргызов

[boranbai_bi]

6 часов назад, Bas1 сказал:

В Синзяне найманы и кереи, которые имеют восточно-азиатские У гаплогруппы. По 3 этапу смешения ошибка переводчика?

я так понял первый этап это R1a, R1b, Q

второй и третий этап это преимущественно восточноевразийские гаплогруппы

хорошо бы почитать работу полностью на русском или казахском, может какие то ошибки в методологии или разница в терминологии

[Zerek]

1 час назад, boranbai_bi сказал:

просто там нет каракалпаков, ногайцев и видимо по какой то причине не учли кыргызов

Где нет, в Китае? А хазарейцы есть?

 

 

[Zerek]

1 час назад, boranbai_bi сказал:

700 лет как раз 1326 год

а в чем загадка? видимо была какая то миграция с юга китая в монголию а оттуда на запад с чингсиханом или с кучлуком

Ну откуда О2 там взялось, причем это не ханьский, а южно-китайский субклад, во Вьетнаме есть и вроде даже Тайланде.

[boranbai_bi]

2 часа назад, Zerek сказал:

Где нет, в Китае? А хазарейцы есть?

 

 

 гуд пойнт

[boranbai_bi]

2 часа назад, Zerek сказал:

Ну откуда О2 там взялось, причем это не ханьский, а южно-китайский субклад, во Вьетнаме есть и вроде даже Тайланде.

 не обязательно же генетика идет через войну или через массовые миграции

[Bas1]

15 часов назад, boranbai_bi сказал:

я так понял первый этап это R1a, R1b, Q

второй и третий этап это преимущественно восточноевразийские гаплогруппы

хорошо бы почитать работу полностью на русском или казахском, может какие то ошибки в методологии или разница в терминологии

Если современная наука может сказать от мужчины или женщины тот или иной отрезок ДНК попал современнику, то тогда понятно. Первый этап это R1b (ботай). Они мешались с сибиряками, перенимали уклад. Научились одомашнивать лошадей по аналогии одомашнивания северного оленя у сибиряков. Потом R1a пришли на Алтай, мешались и с Алтая в Казахстан. Видимо вытеснили R1b в Западную Европу. Потом тюрки и т.д. Волн было много. По последнему смешению, то кипчаки 50/50 превратились в казахов 70/30.

[boranbai_bi]

7 часов назад, Bas1 сказал:

Если современная наука может сказать от мужчины или женщины тот или иной отрезок ДНК попал современнику, то тогда понятно. Первый этап это R1b (ботай). Они мешались с сибиряками, перенимали уклад. Научились одомашнивать лошадей по аналогии одомашнивания северного оленя у сибиряков. Потом R1a пришли на Алтай, мешались и с Алтая в Казахстан. Видимо вытеснили R1b в Западную Европу. Потом тюрки и т.д. Волн было много. По последнему смешению, то кипчаки 50/50 превратились в казахов 70/30.

я думаю, что казахи произошли от монголов и восточных тюрков

[кылышбай]

В 01.08.2024 в 21:27, Zerek сказал:

Где нет, в Китае? А хазарейцы есть?

В 01.08.2024 в 19:41, boranbai_bi сказал:

просто там нет каракалпаков, ногайцев и видимо по какой то причине не учли кыргызов

Если в выборку добавить казахов из др. регионов то точка с усредненными казахами переместится ближе к ногайцам, кыргызам и др. народам. По аутосомам ближе всего к казахам кыргызы и каракалпаки, а также алтайцы, уйгуры и хазарейцы

[olley]

В 02.08.2024 в 00:11, boranbai_bi сказал:

просто там нет каракалпаков, ногайцев и видимо по какой то причине не учли кыргызов

Читал статью Юсунбаева по народам Кавказа, в которой авторы сделали анализ по всему геному. В анализе были представлены ногайцы в количестве 15 человек, а также узбеки, туркмены и таджики. Ногайцы в общем кластером тяготели к народам Северного и Северо-Восточного Кавказа. Возможно выборка была сделана таким образом. Статья Юсунбаева и соавторов 2012 года. Может, появились новые статьи, в которых представлены народы Центральной Азии? У меня есть предположение, что кыргызы, казахи, каракалпаки и южные алтайцы — генетически схожие народы. Многие узбеки и уйгуры могут оказаться генетически похожими на своих соседей. Такой большой народ, как узбеки, до сих пор плохо протестированные. Это также касается туркменов и уйгуров.

Статья: https://academic.oup.com/mbe/article/29/1/359/1750206

 

Если новая статье по народам центральной Азии, то прошу поделиться ссылкой/

[boranbai_bi]

В 04.08.2024 в 13:50, olley сказал:

Читал статью Юсунбаева по народам Кавказа, в которой авторы сделали анализ по всему геному. В анализе были представлены ногайцы в количестве 15 человек, а также узбеки, туркмены и таджики. Ногайцы в общем кластером тяготели к народам Северного и Северо-Восточного Кавказа. Возможно выборка была сделана таким образом. Статья Юсунбаева и соавторов 2012 года. Может, появились новые статьи, в которых представлены народы Центральной Азии? У меня есть предположение, что кыргызы, казахи, каракалпаки и южные алтайцы — генетически схожие народы. Многие узбеки и уйгуры могут оказаться генетически похожими на своих соседей. Такой большой народ, как узбеки, до сих пор плохо протестированные. Это также касается туркменов и уйгуров.

Статья: https://academic.oup.com/mbe/article/29/1/359/1750206

 

Если новая статье по народам центральной Азии, то прошу поделиться ссылкой/

работу по аутосомам про ногайцев и казахов я не нашел

у Сабитова есть работа по Y гаплогруппам ногайцев

https://www.academia.edu/17004570/Сабитов_Ж_М_Баймуханов_Н_Б_Y_STR_гаплотипы_узбеков_уйгуров_таджиков_пуштунов_хазарейцев_моголов_из_базы_данных_Family_Tree_DNA_The_Russian_Journal_of_Genetic_Genealogy_Volume_7_No_2_2015_C_20_26

[boranbai_bi]

В 04.08.2024 в 11:29, кылышбай сказал:

Если в выборку добавить казахов из др. регионов то точка с усредненными казахами переместится ближе к ногайцам, кыргызам и др. народам. По аутосомам ближе всего к казахам кыргызы и каракалпаки, а также алтайцы, уйгуры и хазарейцы

есть ли работы сравнивающие аутосомы казахов и ногайцев?

внешне на нас похожи дагестанские и астраханские но хотелось бы посмотреть цифры

[asan-kaygy]

Была статья по Ботаю, где аутосомно две группы ногайцев показывались

[Jagalbay]

В 04.08.2024 в 23:50, olley сказал:

Читал статью Юсунбаева по народам Кавказа, в которой авторы сделали анализ по всему геному. В анализе были представлены ногайцы в количестве 15 человек, а также узбеки, туркмены и таджики. Ногайцы в общем кластером тяготели к народам Северного и Северо-Восточного Кавказа. Возможно выборка была сделана таким образом. Статья Юсунбаева и соавторов 2012 года. Может, появились новые статьи, в которых представлены народы Центральной Азии? У меня есть предположение, что кыргызы, казахи, каракалпаки и южные алтайцы — генетически схожие народы. Многие узбеки и уйгуры могут оказаться генетически похожими на своих соседей. Такой большой народ, как узбеки, до сих пор плохо протестированные. Это также касается туркменов и уйгуров.

Статья: https://academic.oup.com/mbe/article/29/1/359/1750206

 

Если новая статье по народам центральной Азии, то прошу поделиться ссылкой/

ногайцы отличаются, одни ногайцы ближе к казахам, чем к другим ногайцам

[Zerek]

В 31.07.2024 в 06:49, asan-kaygy сказал:

Я  думаю эффект основателя и смешение мужчин и женщин немного разное видимо

Может ли быть так, что "монгольские" гаплогруппы присутствовали в Казахстане еще до времен ЧХ?

[olley]

3 часа назад, Zerek сказал:

Может ли быть так, что "монгольские" гаплогруппы присутствовали в Казахстане еще до времен ЧХ?

 

Статья: 

The formation of human populations in South and Central Asia Narasimhan et al. (2019)

Если рассматривать каждую находку из таблицы:

Северо-запад Казахстана: возраст приблизительно 4000 лет, C2b.
Казахстан, Тянь-Шань: приблизительно 1000 лет, C2b1a.
Кыргызстан: C2b1a2a, приблизительно 900 лет, C2b1a2a.

Судя по таблице, а количество образцов древнего ДНК огромное в исследовании, всё-таки центральноазиатская ветвь R1a1a похоже преобладает в древнем ДНК этого региона.
Таблица. 1605 древних образцов.
https://www.science.org/doi/suppl/10.1126/science.aat7487/suppl_file/aat7487_tables1-5.xlsx

Перевод

 

Цитата

Набор данных и стратегия анализа
Мы создали данные древнего ДНК полного генома от 523 ранее не исследованных древних индивидов и улучшили качество данных от 19 ранее секвенированных индивидов. Эти индивиды происходят из трёх широких географических регионов: 182 из Ирана и южной части Центральной Азии, которую мы называем Туран (современные Туркменистан, Узбекистан, Таджикистан, Афганистан и Кыргызстан), 209 из степной и северной лесной зоны, преимущественно на территории современного Казахстана и России, и 132 из северного Пакистана. Древние индивиды относятся к следующим периодам и регионам:

Мезолит, медный век, бронзовый и железный век Ирана и Турана (12,000 до 1 г. до н.э., из 19 мест), включая Бактрийско-Маргианский археологический комплекс (БМАК).
Ранние керамические охотники-собиратели из западной сибирской лесной зоны, которые представляют точку вдоль ранней голоценовой градиентной линии северных евразийцев и являются ценным источником популяции для моделирования происхождения центральноазиатских и южноазиатских народов (6400 до 3900 г. до н.э. из 2 мест).
Пасторалисты медного и бронзового веков из Центральной степи, включая Казахстан бронзового века (3400 до 800 г. до н.э. из 56 мест).
Северная часть Южной Азии, а именно поздний бронзовый век, железный век и исторические поселения в районах Сват и Читрал современного Пакистана (~1200 г. до н.э. до 1700 г. н.э. из 12 мест) (Рис. 1 и таблица S1).
Мы подготовили образцы в специально оборудованных чистых комнатах, извлекли ДНК (14, 15) и создали библиотеки для секвенирования на платформе Illumina (16, 17). Мы обогатили библиотеки для ДНК, содержащей около 1.2 миллиона однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), секвенировали продукты на инструментах Illumina и провели контроль качества (таблица S2) (7, 18, 19). Наш окончательный набор данных после объединения с ранее опубликованными данными (7–9, 16, 18, 20, 21–31) включает 837 древних индивидов.

 

[asan-kaygy]

6 часов назад, Zerek сказал:

Может ли быть так, что "монгольские" гаплогруппы присутствовали в Казахстане еще до времен ЧХ?

термин "монгольские гаплогруппы" это бред

[Zerek]

2 часа назад, asan-kaygy сказал:

термин "монгольские гаплогруппы" это бред

Поэтому я и заключил слово монгольские в кавычки

[asan-kaygy]

Лучше вообще этот термин не использовать

[Kazakh]

В 06.08.2024 в 03:30, boranbai_bi сказал:

есть ли работы сравнивающие аутосомы казахов и ногайцев?

внешне на нас похожи дагестанские и астраханские но хотелось бы посмотреть цифры

Юнусбаевские образцы есть у Диенекиса. https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Me2vweYJN2mNtnDaypabv31sy2-kSWVhNJvanIsWtJU/edit?gid=0#gid=0

Калькулятор по 7 компонентам. Монголоидные компоненты 25% всего.

Population

Source

N

South_Asian

West_Asian

Siberian

African

Southern

Atlantic_Baltic

East_Asian

Nogais_Y

Yunusbayev

14

0.7

36.7

14.8

0

13.1

25.3

9.3

 

Калькулятор по 12 компонентам. https://docs.google.com/spreadsheets/d/1GWhNZcfTQ2hMSK9Ni1IqG7aXHB00SRE5L6ED2osPs9M/edit?gid=0#gid=0

Population

Source

N

Gedrosia

Siberian

Northwest_African

Southeast_Asian

Atlantic_Med

North_European

South_Asian

East_African

Southwest_Asian

East_Asian

Caucasus

Sub_Saharan

Nogais_Y

Yunusbayev

14

12.9

11.4

0

0.5

4.5

21.3

0.7

0

0.1

11.5

37.3

0

 

Мой результат в этих калькуляторах. Восточных генов в районе 59%.

ID

South_Asian

West_Asian

Siberian

African

Southern

Atlantic_Baltic

East_Asian

DOD865

5.9

13.3

36.9

0

2.8

18.6

22.4

 

ID

Gedrosia

Siberian

Northwest_African

Southeast_Asian

Atlantic_Med

North_European

South_Asian

East_African

Southwest_Asian

East_Asian

Caucasus

Sub_Saharan

DOD865

7.9

26.4

0

1.1

2

17.3

4.4

0

2.7

32.1

6.2

0

[olley]

Сырые данные также есть в базе данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI) GEO DataSets для разных тюркских народов из различных регионов: каракалпаков, башкир, уйгуров и многих других.

Похоже Диеникис использовал сырые данные в анализе программного приложения ADMIXTURE Tools из этой базы данных.

Все эти данные можно собрать воедино, обработать и провести небольшой анализ, чтобы получить общее представление по народам из нашего региона. В разных статьях данные используются для разных целей.

204 образца GSE37342: 16 ногайцев с Кавказа предоставленные Юнусбаевым и соавторами (2012)
Ссылка на сырые данные https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE37342

Ещё 322 образца из другого исследования Юнусбаева и соавторов(2015)
Ссылка на данные https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE66157

Данные по ногайцам из исследования по Ботайской культуре не нашёл.

 

Пока 16 образцов по ногайцам в открытом доступе.

[Kazakh]

 

В 06.08.2024 в 03:30, boranbai_bi сказал:

есть ли работы сравнивающие аутосомы казахов и ногайцев?

внешне на нас похожи дагестанские и астраханские но хотелось бы посмотреть цифры

На ресурсе Genoplot нашел астраханских и других ногаев. И в правду на PCA плотах астраханские вместе со ставропольскими близко расположились с казахами Казахстана и чуть дальше от китайских казахов.

Зеленые в районе 15 образцев, кажется это Юнусбаевские образцы. Они с карачаево-черкессами в одном кластере.

https://genoplot.com/shared/pca/?share=Sakenkz118/191313aac96#1

[Zerek]

6 часов назад, asan-kaygy сказал:

Лучше вообще этот термин не использовать

Субклады гаплогрупы С, обычно ассоциируемые с движением монгольских племен в Среднюю Азию при Чингис-хане могли ли на самом деле быть местными, появившимися в Средней Азии в том же 8-9 веке?

[Kazakh]

В калькуляторе Dodecad K12b эти группы ногайцев ниже.

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Nogai	12.87	10.67	0.28	0.72	4.55	22.07	0.59	0	0.66	11.9	35.68	0
Nogai Astrakhan	7.16	23.65	0.43	2.79	8.1	17.77	1.17	0.01	1.95	27.43	9.5	0.04
Nogai Karachay Cherkessia	13.08	10.9	0.23	1.14	3.84	20.54	0.51	0.16	0.71	12.88	35.94	0.07
Nogai Stavropol	10.77	20.07	0.17	2.25	7.03	17.51	2.11	0.03	1.67	24.76	13.64	0

[Kazakh]

Казахи

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Kazakh	8.09	25.69	0.19	3.17	4.9	15.31	1.78	0.01	0.82	31.81	8.23	0
Kazakh China	7.44	27.14	0.1	5.9	2.31	11.06	1.99	0.1	0.49	38.05	5.25	0.18